A Thököly úton az útfelújítási beruházás részeként 2009-ben létesült kerékpársáv, mely azonban a Hungária körúti csomóponton nem vezetett át. Ezt követően a Thököly út – Hungária körút csomópontban 2010 nyarán kihelyezésre került egy „kerékpárral behajtani tilos” tábla, mivel a szabványok szerint a kerékpározás változatlan forgalmi rend mellett nem volt megengedhető. A probléma hátterében az állt, hogy az útfelújítás nem terjedt ki a korábban aszfaltszőnyegezéssel felújított Hungária körút – Mexikói út szakaszra, valamint a Hungária körúti felületre sem, így itt kerékpársáv nem létesült, ráadásul normál kerékpársáv nem is fért volna el. A jelzőlámpás csomópontban sem történt beavatkozás a beruházás részeként, ez azonban gondot jelentett, mivel ebben a csomópontban az ürítési idő a gépjárművek számára szokásos (36 km/h) ürítési sebesség figyelembe vételével van kiszámítva. A kerékpárosok nagy része azonban ennél lassabban hagyja el a kereszteződést, ami a különösen nagy kiterjedésű csomópontokban veszélyes lehet a szabad jelzés legvégén behaladó kerékpáros számára. Erre természetesen nem a „kerékpározni tilos” tábla kihelyezése jelenti a jó megoldást, korábban azonban sajnos ilyen döntés született.

A műszaki dilemma megoldása nem volt egyszerű, mivel az ürítési idők megnövelése számottevő kapacitáscsökkenéssel járt volna a gépjármű áteresztő-képességet illetően a Hungária körúton, hisz rövidebb lenne a zöldidő a Hungária körúton, ha a kerékpár sebességére lenne méretezve a Thököly úti zöld jelzés utáni köztes ürítési idő. Annak érdekében, hogy legálisan és biztonságosan lehessen kerékpározni a csomóponton keresztül, azaz a kerékpárosnak ne kelljen szabálytalankodni vagy leszállni a bicikliről, az alábbi megoldás született: a kerékpáros útvonal folytonosságát kerékpáros nyom felfestés jelzi a csomópont és a járműosztályozó területén mindkét irányban.  Kifelé az 1-es villamos peronszigete mellett kerékpáros jelzőt helyeznek majd ki technikai jelzőként, így akik a zöld jelzés legvégén kerékpároztak be a csomópontba, és már nem érnének át biztonságosan a teljes kereszteződésen, itt várakozhatnak egy felállóhelyen. A befelé irány számára külön kerékpáros-jelző épül, ami egy kicsit hamarabb vált pirosra, mint a gépkocsiknak szóló lámpa.

Összességében tehát a csomópontban a gépjárművek számára rendelkezésre álló áthajtási idő és így a közúti kapacitás nem változik, a beavatkozás nyomán azonban a Thököly úton haladva végre szabályosan át lehet kelni a Hungária körúton kerékpárral. A beavatkozás az FKF Zrt. (rövidesen BKK Közút Zrt.) kivitelezésében a jövő hét közepén várható.

A Thököly úton a kerékpáros infrastruktúra szempontjából hiányzó belső, Baross tér előtti szakaszon a BKK 2012-ben útfelújítást tervez, mely során a hiányzó kerékpársáv-szakaszok kiépülnek majd, a Thököly út külső szakaszán már kialakított forgalmi renddel azonos módon. Szintén 2012-ben a tervek szerint megújul a Hungaráia körút - Mexikói út közötti, ma már kritikus állapotú útszakasz is. Az 1-es és 3-as villamosok fejlesztését célzó BKK-projekt keretében pedig a Hungária körút - Thököly út csomópont felújítása is megtörténik, eltűnik a kanyarodó villamosvágány és megújul az útpálya is.